Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines. 1 - Le Dernier Vol de l'Osiris 2 - La Seconde Renaissance,...
Une scientifique livre son dernier combat sur Terre contre une invasion de fantômes extra-terrestres, avec l'aide d'une équipe indisciplinée de soldats.
Le royaume de Lucis renferme le Crystal sacré, que convoite le sombre empire de Niflheim. Le roi Regis de Lucis est à la tête d’une armée de soldats d’élite appelée Kingsglaive. Usant des pouvoirs magiques de leur souverain, Nyx et ses compagnons se battent pour protéger Lucis....
En tentant d'échapper à une horde de sentinelles, les occupants de l'Osiris découvrent que des centaines de milliers de machines sont regroupées à quatre kilomètres au-dessus de Zion et qu'une gigantesque foreuse est en action afin de leur permettre d'envahir le dernier refuge des êtres...