En 1930, deux pères : Michael Sullivan, un tueur professionnel au service de la mafia irlandaise dans le Chicago de la Dépression, et Mr. John Rooney, son patron et mentor, qui l'a élevé comme son fils. Deux fils : Michael Sullivan junior et Connor Rooney, qui font chacun des efforts...
Tandis qu'Eddie souhaite faire de son petit chien une vedette de cinéma, l'animal se fait kidnapper par une bande de malfrats alors qu'il venait tout juste d'être choisi pour devenir la star d'un film ! L'équipe du long métrage se met donc à la recherche d'un nouveau toutou et c'est Beethoven...